O culto da Congregação Cristã no Brasil segue uma ordem preestabelecida mas sem uma liturgia fixa. Os pedidos de hinos, orações, testemunhos e a pregação da Palavra são feitos de forma espontânea e tidos como guiados pelo Espírito Santo. Preza-se a participação coletiva em detrimento de manifestações individualizantes41 .
Entre as práticas do culto, há o uso do véu pelas mulheres. A saudação do ósculo santo é realizada entre irmãos e irmãs dentro de seu próprio gênero. O assento é separado nas igrejas entre homens e mulheres. As orações são feitas de joelhos podendo haver até três orações no início do serviço e apenas uma de agradecimento no final. Embora seja raro, pode haver até três pregações sucessivas20
A pregação do sermão é feita sem preparo prévio ou com notas, com pregações improptu ou extempore. A pregação da Palavra na Congregação Cristã alinha-se à tradição protestante de centrar-se na pregação da Bíblia, como um elemento importante como revelação da Palavra divina42 . Entretanto, há interpretações populares da pregação da Bíblia. Como manifestação de religiosidade popular, semelhantes às consultas a oráculos 43 muitos fiéis da Congregação Cristã no Brasil praticam o "buscar a palavra", uma forma de adivinhação ou bibliomancia44 45 . Para esses membros, suas decisões pessoais quanto a trabalho, viagem, negócios, estudos, casamentos serão pautados pelo oráculos da pregação. 46 Corroborando com essa prática, muitos ministros alternam suas pregações entre promessas materiais e controle comportamental visando a manutenção da comunidade. Assim, resulta na prática de haver pouca ou nenhuma exegese bíblica nas pregações de muitos desses pregadores. Todavia, essa bibliomancia da pregação não é oficialmente endorsada pelo ministério da Congregação Cristã no Brasil, que em recente circular admoestou contra tais práticas.47
Na década de 1930, por orientação de Louis Francescon se iniciaram as Escolas Dominicais na Congregação Cristã no Brasil segundo o modelo já em prática nas congregações cristãs italianas na América do Norte. Relatórios da época registram que essa iniciativa foi "proveitosa e abençoada." Salvo por um breve momento de cânticos e orações no início e no final desse serviço, a maior parte dele era dedicado ao exame das Escrituras. As crianças e jovens em idades escolares recitavam versos memorizados no final. Tanto auxiliares homens e mulheres podiam pregar nesses serviços,48 com várias mulheres que presidiam as escolas dominicais, como fez por mais de 50 anos Rosina Francescon na Congregação Cristã de Chicago. Entretanto, devido ao baixo letramento de seus ministros, as Escolas Dominicais foram se transformando em cópias dos cultos regulares, exceto a recitação da oração do Pai Nosso e de jograis de Salmos. Ainda hoje, algumas congregações no norte do estado de São Paulo (Catanduva, S.José do Rio Preto, Pindorama) se mantém na tradição, com serviços e atividades separados por faixa etária.
As atividades da Congregação Cristã no Brasil são conduzidas por um ministério41 organizado que as exerce sem expectativas de receber salários49 , distribuído segundo as necessidades de cada localidade, constituído por ancião, cooperador do ofício ministerial, diácono50 . Somente os anciãos e diáconos são ministros ordenados51 .
Para construções de templos, utilizam-se, na maioria dos casos, de voluntariado mobilizado em esquema de mutirão. Para outros serviços das igrejas como portaria, limpeza, som, escrituração de livros e fundo bíblico também são escolhidos dentre os membros, voluntários que não possuem expectativa de receber salário.
A Congregação Cristã no Brasil não possui registro de membros valorando o vínculo espiritual do fiel com Deus52 . Não prega o dízimo e mantém-se pelo espírito voluntário dos seus membros que contribuem com coletas anônimas e voluntárias.53 .
A organização eclesiástica da Congregação Cristã no Brasil é uma forma adaptada do governo presbiteriano. Um grupo de igrejas locais são reunidas em uma "região administrativa", normalmente correspondente a um município nos estados onde a denominação é maior e vários municípios onde a Congregação é menor, presidida por um conselho de anciãos e um corpo administrativo. As regiões administrativas são agrupadas em "regionais", que por sua vez se concentram nas "assembleias estaduais".
As mudanças de caráter doutrinário na Congregação Cristã no Brasil são discutidas pelo Conselho de Anciãos Mais Antigos e apresentada em assembleia anual